El fichero de estadísticas de access_ssl_log.webstat en access_ssl_log.webstat se esta llenando (mas de 50GB en el caso de un dominio mio).
Este fichero es propio de cada dominio esta en el directorio logs de cada uno de ellos.
Aunque lo borres mediante plesk o mediante comando desde el terminal linux, al día siguiente se vuelve a crear (con mas tamaño) porque el servidor lo tiene en memoria.
Yo lo he solucionando parando primero los servicios de apache y nginx del servidor y luego eliminando desde plesk el fichero de estadisticas y por ultimo se arrancan los servicios apache y nginx.
Así el fichero no esta en memoria cuando se elimina y el borrado se hace efectivo.