La herramienta mas poderosa para analizar el posicionamiento de una web, es de Google y es gratuita son las Webmasters Tools:
www.google.com/ ...home?hl=es
Te da todos los datos necesarios para analizar tu posicionamiento y lo que esta funcionado.
Por otro lado, es vital Google Analytics:
analytics.google.com
Que te permite analizar todo el trafico de tu web y su comportamiento dentro de la misma (URL de entrada, URL de abandono, claves, secciones donde se concentra el trafico...).